قدم الفخفاخ استقالته في 15 يوليو/ تموز 2020، بعد أشهر من خلافات حادة خرجت للرأي العام بين هرم السلطة، الرئيس قيس سعيّد ورئيس حزب النهضة راشد الغنوشي، على ضوء اتهامات وجهت للرجل المستقيل حول شبهة تتعلق بتضارب المصالح.